Địa hình thành phố Móng Cái ở phía bắc là đồi núi, địa hình thoải dần ra biển với có 50 km đường bờ biển. Địa hình có dạng đồi núi, trung du và ven biển, bị chia cắt khá phức tạp, hình thành 3 vùng rõ rệt là vùng núi cao phía Bắc, vùng trung du ven biển và vùng hải đảo. Móng Cái có khí hậu nhiệt đới gió mùa, chịu ảnh hưởng của biển nên nóng ẩm và mưa nhiều. Móng Cái có ba con sông chính là Sông Ka Long, Sông Tràng Vinh và sông Pạt Cạp. Trong đó, Sông Ka Long bắt nguồn từ Trung Quốc ở độ cao 700 mét, có dộ dài 700 km đổ ra Biển Đông. Sông Tràng Vinh dài trên 20 km, chảy qua Hồ Tràng Vinh rồi đổ ra biển[6].

Móng Cái là thành phố cửa khẩu nằm dọc theo bờ biển, hầu hết dân cư sinh sống dọc theo đới bờ, trên hạ lưu các con sông. Đất đai ở đây được chia thành 10 nhóm đất chính gồm có đất cát, đất mặn, đất phèn, đất phù sa, đất có tầng sét, đất xám, đất nâu tím, đất vàng đỏ, đất tầng mỏng, đất nhân tác[6].